高級警官康Sir遭人殺害，臨死前他銷毀了所有臥底的資料，以保護這些遊走在生死線上的兄弟。在此之後，警方開始著手恢複數據，與臥底們重新取得聯系。女臥底阿釘（佘詩曼 飾）某天收到一條康Sir發明的密碼，在刑警男友阿Q（吳鎮宇 飾）的指揮下，她嘗試與這名神秘臥底進行接觸。另一方面，某披著合法公司外皮的黑道組織重要成員阿藍（張家輝 飾）和邵志朗（古天樂 飾）聯手襲擊了競爭對手。這二人情同手足，在公司少壯派中風頭正勁，如日中天。然而警方對他們行動的預判令阿藍開始懷疑公司有內鬼存在。 經過幾番試探，阿釘終于與神秘臥底接頭，可是莫大的危險也向她奔湧襲來……